Bergama İlçesi, Ege Bölgesi’nde yer alan İzmir İli’ne bağlıdır. İlçe İzmir İli’nin en kuzeyinde bulunmakta olup, il merkezine uzaklığı 103 kilometredir. Bergama’nın yüz ölçümü 1688 km2’, rakımı 68metredir. Kuzeyinde;  Ayvalık, Gömeç, Burhaniye, İvrindi ilçeleri, Doğusunda; Soma ve Kınık İlçeleri, Güneyinde; Manisa İli ve Aliağa İlçesi, Batısında ise Dikili İlçesi bulunmaktadır.

Bergama’nın kuzeyinde MADRA (Pindasus) Dağları bulunur ve en yüksek tepesi 1388 m’dir. Kuzeybatıda 1051 m. yükseltili Geyikli Dağı, güney batısında 1144 m. yükseltili Yaylacık Dağı vardır. Daha sonra Bakırçay’a inilir ve Kaşıkçı Dağlarına ulaşılır. Bu dağlara paralel Yund Dağları göze çarpar. Bakırçay vadisinde zincirleme tepeler Karadağ’a kadar uzanır. Bunlar Eğrigöl, Kalarga, Değirmentepe, Tatartepe, Baklatepe, Reistepe, Memelitepe, Yaylatepe ve Pamuktepe’dir.

Bakırçay, Balıkesir’in 30 km. güneyindeki Davullu dağlarından kaynaklanır. Madra ve Yund dağlarından katılan Gelenbe, Aksu, Yağcılı, Menteşe, İlya, Karadere, Kırkgeçit, Gümüş, Kestel, Bergama Sınır ve Sarıırmak dereleri ile beslenir. 120 km uzunluğunda olan Bakırçay Çandarlı’dan Ege Denizi’ne dökülmektedir. Bakırçay’ın rejimi düzensizdir. Yaz sonuna kadar akışlar düşerken, kışın seviye yükselir. Bakırçay, Çandarlı Körfezinde küçük bir delta oluşturmuştur.

İlçede, yazları sıcak ve kurak, kışları ılık ve yağışlı Akdeniz iklimi egemendir. Yaz ortalama sıcaklık 26, kış ortalama 6’dır. Kışın en yüksek sıcaklık farkı 14, yaz sıcaklık farkı ise 15 dolayındadır. Gündüz-gece sıcaklık farkı 15-20 arasındadır. Rüzgarlar yaz ve kış kuzeyden yıldız, kuzeydoğudan poyraz, kuzeybatıdan karayel eser; lodos ve batı rüzgarları yağmur getirir. Yıllık yağış tutarı 600 mm’dir. Bazı yıllar 550 mm, bazı yıllar 800 mm’ye ulaşır. Yağmur suyu, toprağa 25-30 cm kadar sızar ve toprak 2-7 hafta arası nemliliğini saklar. Kar seyrek yağar, hava basıncı 760-800 mb. arasında olup, nemlilik oranı 69-90 dolayındadır. Bergama bitki örtüsü yönünden Akdeniz ikliminin etkisi altındadır. Akdeniz bitkilerinin her türü bulunmaktadır. Yüzyıllar boyu aşırı otlatma, yangın ve tarla açma nedenleriyle ormanların ortadan kalktığı yerlerde, maki florası kendini göstermektedir. Bergama’ya yaklaşık 20 km mesafeden itibaren başlayan, deniz seviyesinden yüksekliği 500-1000 metre arasında değişen kozak yaylasında, kendiliğinden yetişen fıstık çamı ormanı bulunmaktadır. Çam fıstığı bu yörede yaşayanların önemli bir ekonomik girdisi olmakla birlikte, bölge önemli bir yayla turizmi merkezidir. Bakırçay Ovası, Soma yakınından başlar, Çandarlı’ya kadar uzanır. Ova uzunluğu 80 km. olup, genişliği Soma’da 4 km, Kınık’ta 15 km.yi bulur. Havzanın yüzölçümü 3200 km’dir. Bunun 550 km’si ova, 250 km si yamaç, 2400 km’si ağaç ve maki alanıdır. Bergama’nın en ünlü ovaları Eğrigöl, Vakıflar, Bülbüllü ve Araplı ovalarıdır.